《萌鸡小队》讲述了四只萌鸡宝宝在妈妈的关爱下，与其他小动物一同快乐相处，共同成长的故事。在遥远的大森林里，有一棵美丽的大树，大树底下被弹性十足的蘑菇和争奇斗艳的花朵包围着，形成了一个宽阔的大自然游乐场，这就是萌鸡们的家。萌鸡妈妈美佳开明又热心，四只萌鸡宝宝（大哥大宇、二姐朵朵、三哥欢欢、小弟麦奇）活泼又可爱。他们互相帮助，四处探险，还结交了很多新朋友，共同描绘出一幅清新童趣的森林画卷，让小朋友们在领略大自然的奥妙的同时，也在萌鸡身上学到许多美好品质
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故事发生在以音乐为中心、次文化兴盛的涩谷，与能映射出人们内心“真正的心愿”的「世界」中。某天，一直用音乐给人们带去力量的虚拟歌手初音未来，发现自己的歌声无论怎样都无法传达出去……而一群在「世界」中追寻音乐梦想的少年少女们与初音未来相遇，共同寻找着可以让初音未来“将歌声传达出去”的方法。
弗兰克（比尔·默瑞 Bill Murray 饰）是一个普通的动物园管理人，某一天，他误食了一枚被猴子啃过的苹果，一种名叫瑞克斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 配音）的病毒就这样来到了弗兰克的体内。同样是在这里，存在着一只名为奥兹（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）的白血球，这是一只特立独行的白血球，它并不满足于平庸的日常，而是想要活出精彩，活出新意。
凯特、汉弗莱和他们的三只幼崽被迫搬迁巢穴后，他们发现了一只名叫艾米的友善迅猛龙。艾米在一次大型挖掘工程中被掩埋，却奇迹般地复活了。幼崽们和森林里的朋友们向艾米展示了新世界的奇妙之处，他们必须齐心协力，阻止挖掘者在为时已晚之前挖出霸王龙的危险。
一家神秘的玩具公司利用忍者神龟新获得的知名度，兄弟俩循着线索来到新泽西州，在那里他们偶然发现了一个令人震惊的事情。
