一千年前，血月当空，空间裂缝开启，怪兽时代降临！无数怪兽，肆虐全球，就在人类即将面临着彻底灭亡的时刻，兽魂师的诞生，给全人类带来了希望的曙光，伴随着兽魂师的一代代传承和发展，人类成功创造出了新的文明秩序来对抗怪兽的入侵！
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在浩瀚的宇宙深处，驻扎在某小行星的地球联邦军队凯西堡垒遭到宿敌虫子大军的攻击。强袭舰雅丽莎号的彪勇战将奉命救援，在这个沦陷的基地内，却发生令人费解的一幕。超能力战略官员卡尔·詹金斯博士将卡门所负责的战列舰约翰·A·沃顿号的指挥权夺走，不知下落。战争的最后，雅丽莎号的战士们救出幸存者，小星星也在爆炸中灰飞烟灭。为了查清消失的战列舰的下落，强尼·瑞克命令返航途中的雅丽莎号迅速掉转船头，追赶约翰·A·沃顿号。效用彪悍的勇士们合二为一，开始了新的漫漫征途……
故事承接《鬼灭之刃 柱训练篇》。
